正式にサポートされているのは32bitマシンだけなのですが，無理やりインストールできそうでしたのでやってみました．
gp6-full-linux-*.debファイルを用意
linux用インストーラをhttp://www.guitar-pro.com/のサポートページからダウンロードします．（日本で代理販売をしているイーフロンティアではLinux版は元々サポートしていないので本家のサポートページでライセンスを登録する必要があります．）
依存関係を解決
依存関係にあるライブラリを確認します．
$ dpkg -I gp6-full-linux-r11553.debdepends欄に書かれているものをSynapticsもしくは
$ sudo apt-get install ...でインストールしておきます．$ sudo dpkg -i gp6-full-linux-*.debでインストールしようとしてはダメ
'You have 1 broken package on your system! Use "Broken" filter to locate it'というエラーがSynapticsで出るようになります．Edit > Fix Broken Packagesを選択してApplyすると壊れたGP6パッケージを削除できます．（このときsudoが消せないというエラーが出ますがこれは無視しても大丈夫．）しかし，GP6が既にインストールできていた場合は，GP6の再インストールが必要になるので注意．/opt/へ本体をコピー
gp6-full-linux-*.debを解凍してGuitarPro6本体を
/opt/へコピーします．$ dpkg -x gp6-full-linux-\*.deb ~/temp $ sudo cp -R ~/temp/opt/GuitarPro6 /opt/ちなみに.debファイルの解凍はArchiveManagerでもできます．
getlib-all.debをインストール
getlibsは64bit環境に32bit用アプリをインストールする際に必要なライブラリをインストールするためのユーティリティソフト（らしい）です．現状ではlaunchpadでmaintainされていないようですが，こちらのページからダウンロードできました．ダブルクリックでSoftwareCenterからインストールするか
dpkg -i getlibs-all.debでインストールします．getlibsする
以上が完了したら以下を実行します．
$ getlibs /opt/GuitarPro/GuitarProGuitarPro6を起動
エラーなくgetlibsできたらGuitarPro6を起動します．
$ /opt/GuitarPro/launcher.sh起動が確認できたらアップデータで最新のものへしてやりましょう．（アップデータの起動にエラーが出るときはgksudoがインストールされてない可能性があります．）
エラーなど
/opt/GuitarPro6/launcher.shが以下のエラーメッセージを出して起動しない./GuitarPro: error while loading shared libraries: libportaudio.so.2: cannot open shared object file: No such file or directorygetlibsがlibportaudio2をカバーできていないことが原因．
sudo apt-get install libportaudio2:i386で個別にインストールしてやります．アップデータが起動しない
gksudoがインストールされていない可能性があります．アップデートしたら
./GuitarPro: /opt/GuitarPro6/./libz.so.1: version `ZLIB_1.2.3.3' not found (required by /usr/lib/i386-linux-gnu/libxml2.so.2)というエラーが出て起動しない
sudo rm /opt/GuitarPro6/libz.so.1`で消してやれば問題ないもよう．
今のところ問題なく動いていますが，今後のアップデートによっては起動しなくなる可能性もあります．Soundbankのインストールに失敗する場合もあるらしく（Ubuntu13.04x86_64では無問題でした），そのWorkaroundがこちらで紹介されています．